Modélisation de l’Inspecteur pour une expérience de CMR

Présentation du package Inspecteur (presentation.epiphyte)

La classe Inspecteur (A_Inspector) est une classe générique de la plate-forme et constitue un élément important de la simulation des  populations de rongeurs.

L’inspecteur est chargé d'observer la simulation et de récupérer toute les informations utiles et importantes sur le déroulement de la simulation en général pour les restituer à la demande ou les stocker dans des tableaux ou des variables qui seront ensuite récupérables, à la fin de l’étude, dans des fichiers de sorties (fichiers Excel, courbes). Il gère les listes d'objets utiles au déroulement de la simulation.

L'inspecteur fait partie du système épiphyte de la simulation au sens où il effectue des mesures sur les résultats de simulation. Cependant, il n'intervient pas dans son fonctionnement (idéalement, la suppression de l'inspecteur ne modifie pas la performance de la simulation).

Fonctions de base de l'inspecteur

Le contrat de l'inspecteur est défini par l'interface I_inspector. Ce contrat impose aux classes qui l'implémentent de pouvoir:

1.      Calculer les indicateurs globaux (procédure computeIndicators)

2.      Stocker les valeurs de ces indicateurs (procédure storeIndicatorValues)

3.      Réaliser un certain nombre de ces actions à chaque pas de temps (procédure step).

Ceci devient intéressant dans la mesure où, puisque la simulation génère plusieurs réplicas à chaque simulation, il est indispensable d’utiliser des méthodes permettant de récupérer et de conserver toutes ces informations pour pouvoir ensuite les utiliser.

Fonctions de l'inspecteur du protocole bandia

Gestion des listes: Une fonction clé de l'inspecteur est la gestion des listes d'objets qui doivent être connus du système. Dans le cadre du protocole Bandia l'inspecteur (C_InspectorBandia) gère

1.       la liste des rongeurs capturés (et taggés); c'est à cette liste qu'il va s'adresser pour calculer les indicateurs spécifiques de l'expérience de Capture-Marquage-Recapture (CMR).

2.      la liste des pièges posés dans le quadrat

calcul des indicateurs: A chaque sollicitation (i.e., à la fin d'une session de capture), l'inspecteur sollicite chacun des rongeurs qui ont été capturés pour obtenir leur valeur individuelle de chaque indicateur (cf. ci-dessous). L'inspecteur se charge ensuite d'effectuer les sommes et les moyennes de ces indicateurs pour restituer une valeur globale pour la simulation (valeurs qui pourront ensuite comparées avec les valeurs observées in situ). Le calcul des indicateurs porte sur :

1.      la distance moyenne entre les recaptures successives (DRS)

2.      la distance maximale entre les recaptures de tous les rongeurs capturés au cours de la session (DMR).

3.      le nombre minimum d’individus vivant dans le quadrat au cours de la session (MNA).

Stockage des données: Pour chaque session de piégeage simulée ces informations, caractéristiques pour une session de piégeage donnée, peuvent être enregistrées dans un tableau de données externes (au format .csv) qui permettra à l’utilisateur d’estimer la taille de la population pour chaque session mais également de connaitre le maximum et la moyenne des déplacements des rongeurs capturés (procédure storeCMRValues).

Marquage des rongeurs: Comme toute étude de CMR, les individus capturés doivent être obligatoirement marqués pour pouvoir être identifiés à la prochaine capture. Dans la création d’un modèle informatique  pour une expérience de CMR, l’inspecteur est la classe chargée d'attribuer un numéro de marquage à chaque rongeur piégé pour ceux qui n’en avaient pas. Le marquage des rongeurs se fait par attribution d’un numéro de tag (marquage) après chaque nouvelle capture de rongeurs. Ce numéro, initialement égal à 0 sera incrémenté à chaque capture. Donc le premier rongeur capturé aura le numéro 1, le second le numéro 2 ainsi de suite jusqu’à la fin de l’étude. C'est l'inspecteur qui gère (procédure tag) l'attribution de ces marques (NB: entorse au système épiphyte)

Gestion des indicateurs: L’une des fonctions de l’inspecteur est également de réinitialiser le calcul des indicateurs de CMR à la fin de chaque session et aussi de fermer le fichier qui a servi à mettre les informations concernant l’étude au terme de la simulation.

 

L’inspecteur joue donc un rôle très important dans l’étude de la dynamique des rongeurs même si sa non prise en compte dans le protocole de simulation n’entrave en rien le bon déroulement de la simulation (principe d'un système épiphyte).