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A simulation model is the main expected outcome of the project; This part of the project provides information about the design and current state of progress of the model
Note: Most documents are in french.
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SimMasto
model part A simulation model is the main expected outcome of the project; This part of the project provides information about the design and current state of progress of the model Note: Most documents are in french. |
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Summary : |
last update | |
| 2013 | Case study #4 - modelling a mark-recapture experiment on Mastomys erythroleucus in Bandia reserve (Senegal) | |
| 2015 | Case study #3 - simulating the black rat diffusion in Senegal in the past century | |
| 2012 | Case study #2 - assessment of hybridization potential between two sibbling species of the Mastomys genus | |
| 2012 | Case study #1 - population genetics in an heterogeneous landscape | |
| 2014 | Progress status of the project | |
| 2014 | First steps towards connecting the 'centre d'informations (CI)' with the multi-agent simulation platform | |
| 2008 | Presentation of the project's framework | |
| 2007 | Identifying the current thematic questions | |
| 2013 | Model design
( ) |
Case study #4 - modelling a mark-recapture
experiment on Mastomys erythroleucus in Bandia reserve (Senegal)
sept. 2013 |
slide
show: Modélisation d'un protocole de capture-marquage-recapture
(plate-forme SimMasto).
Présentation de l'approche et premiers développements. |
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aug. 2013 |
Web site of the
overall project |
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jun. 2013 |
sujet
de stage: Construction d’un environnement de simulation
multi-agents pour l’étude de la dynamique d’une population de
rongeurs dans la forêt de Bandia. |
Case study #3 - simulating the black rat
diffusion in Senegal in the past century (M2 PapeMboup)
Mboup, P.A., Mboup, M.L., Konate, K. et J. Le Fur (2015) Optimisation de l’utilisation de l’algorithme de Dijkstra pour un simulateur multi-agents spatialisé
article,
Simulation informatique pour la production d’indicateurs de diffusion du rat noir et des risques sanitaires chez l’homme au Sénégal à plusieurs échelles d’espace et de temps.
Le rat noir (Rattus rattus), hôte de nombreuses maladies transmissibles à l’homme est un facteur de risque représentant un enjeu fort au Sénégal. Il est difficile d’identifier les réels déterminants de risque (Morse S., 1995, Schrag et al, 1995) car les processus ont des origines souvent multifactorielles, s’expriment dans des contextes en mutations et ont des poids différents selon l’échelle considérée (Piélou, 1979).
Ce travail s’inscrit ainsi dans le cadre d’une approche de modélisation multi-échelles (Auger et al., 1992, Pumain, 2006), il vise à représenter comment s’articulent les déterminants du risque au sein de systèmes environnementaux complexes tel que celui représenté au Sénégal par l’évolution des flux de personnes, rongeurs, et pathogènes aux échelles nationales, régionales et urbaines.
Une des questions clés qui sera traitée est l’élaboration de simulation emboitées permettant d’appréhender de façon intégrée les processus qui se sont déroulés sur le siècle écoulé à l’échelle du Sénégal, dans les vingt dernières de développement à une échelle régionale et dans les centre urbains de ces mêmes régions à l’échelle quotidienne du contact entre rats et hommes.
Dans ce contexte où des acteurs variés évoluent dans des espaces composites à plusieurs échelle de temps, le formalisme multi-agent et la souplesse qu’il offre à la formalisation apparaît approprié (Ferber, 1999, DeAngelis et Mooj, 2005, Grimm and Railsback, 2005) et sera exploité.
Construction d’un environnement de simulation multi-agents pour l’étude de la diffusion du rat noir au Sénégal au cours du siècle écoulé. P.A. Mboup, Rapp. M2 Univ. C.A. Diop, Dakar
30 seconds simulation run sample Video description :
Timing on the video Description 00 - 08 sec.
- The map of cities and secondary markets in 1970 (map from VanChi Bonnardel) is digitized; the roads and cities are formalized as a graph with edges and nodes .
- Human carriers agents are formalized as dynamic agents owning vehicles of different types (red trucks, yellow cars, blue vans, green 'car rapides') with specific speed and rodent carrying capacities.
- agents are able to go from one city to the other following the shrotest path (Dijkstra algorithm)
09 - 13 sec.
- Following a given probability rodents (also formalized as dynamic agents) can load on vehicles (vehicle's icon changes from a yellow car to an orange rodent)
14 - 18 sec.
- Following a given probability rodents can unload from vehicle when these reach one or another destination (vehicle's icon changes from an orange rodent back to a yellow car)
19 - 21 sec.
- Vehicles can follow predefined or random path given the available data on the transportation flows
22 - 30 sec.
- The digitized map is replaced by the corresponding map of year 2000 associated with an intensification of the vehicles traffic
Case study #2 - assessment of hybridization
potential between two sibbling species of the Mastomys genus (M2 Aurore Comte)
Three hybridization simulation run samples (legend and comments to come, see details on the slideshow summary)
in cage experiment in
enclosurein theoretical uniform landscape Organigramme (+détail) et principe de fonctionnement de la reproduction des génomes de rongeur
Case study #1 - population genetics in an
heterogeneous landscape (M2 Jean-Emmanuel Longueville)
Preliminary sensitivity analysis of (i) population max size and (ii) time before extinction to the rodent agents’ longevity parameter and three types of domain heterogeneity (powerpoint pps version)
Progress status of the project
02.10.2013 (article)
A formal framework for linking multidisciplinary multiscale knowledge. A case study on rodent population dynamics and management 25.09.2012 Bilan et perspectives de la plate-forme interdisciplinaire de modélisation SimMasto. Progress report at the 'groupe rongeurs' meeting in CBGP, 25 sept. 2012 . 
12.10.2011 Progress report at the 'groupe rongeurs' meeting in CBGP, 08 sept. 2011 09.12.2010 Progress report at the 'groupe rongeurs' meeting in CBGP, 09 déc. 2010 (video excerpts) 09.10.2009 Progress report at the 'groupe rongeurs' meeting in CBGP, 14-15 sept. 2009
Presentation of the project's framework
14.11.2013 Mise à disposition d'une plate-forme de modélisation informatique pour l'étude par simulation de problématiques liées à la dynamique des rongeurs et de leurs parasites. Réunion ‘Rat-Sahel’ 2013 Univ. G.Berger, Saint-Louis, Sénégal. 14 nov. 2013. 03.07.2008 Modélisation intégrative verticale d’une connaissance multi-échelles : la dynamique des petits rongeurs hôtes et de leurs parasites: Présentation du cadre problématique et propositions méthodologiques pour le projet de modélisation. Présentation devant le groupe thématique système complexes, CBGP, 3 juillet 2008 (résumé) 12.05.2008 Tentative delineation of an agent-based project for vertical integration of multi-scale knowledge: A case study on small rodents hosts and their parasites bioecology. Annual agent-based modeling conference, Swarm Development Group, Chicago, Northwestern Memorial Hospital, 12 mai 2008
First steps towards connecting the centre
d'informations (CI) with the multi-agent simulation platform 
10.02.2014 De la diversification des disciplines à la recomposition d'une réalité partagée Elaboration d'une structure de modélisation dédiée à l'intégration de connaissances disciplinaires. Présentation d'une communication aux journées de Rochebrune 10.10.2013 Aperçu de la plate-forme interdisciplinaire de simulation SimMasto. Présentation lors du pré-comité de thèse P.A. Mboup, oct. 2013
Identifying the current thematic
questions
Working on concepts (3):
- scales: the research levels of understanding, the functional level of dynamics
- the metalist: various concepts lists dealt with in the scientist group (such as pest inventory, varied types of output, ...) ! last update 2007
Working on concepts (2): lexical clustering analysis of the team funding documents: Working on concepts (1): brain storming on literature: Elaboration of a protocol to interview the thematic scientists (i.e., rodent group thematicians problematics elicitation)
- The particular model we aim to develop is advocated to be a framework where the questions raised by scientists from their research are dealt with as an integrated whole. As a precondition to the definition of the scope, nature and expected outcomes of the model, it is necessary to try identifying what questions are topical in all the diversity offered by the scientists of the team.
- For this purpose, we try to interview successively each 'expert' and try to depict :
- the field and limits of his/her problems
- the terminology associated with this field,
These two range of questions should then lead to the elicitation of:
- the questions unsolved and their formulation.
: download the current version of the questionnaire
Model design: rapports d'étude
Résumé: sujet de stage DUT informatique: L’objet du stage est de concevoir et formaliser un module de visualisation permettant à des biologistes de suivre et contrôler de manière graphique le comportement des agents du modèle et le déroulement de simulations réalisées avec cette plate-forme.
Résumé: Ce document présente l’enchaînement et les procédures à suivre pour la récupération et l’implémentation de supports spatialisés dans la plate-forme de simulation SimMasto. La chaîne gère des données issues de SIG (shapefiles), de cartes numérisées à partir d’images géoréférencées, d’applications type GoogleEarth ou de grilles théoriques. Le rapport présente un schéma synoptique général de la chaîne de traitement associé à la description détaillée de chacun des modules et des modalités de leur réalisation. Ce travail a été réalisé au CBGP dans le cadre du projet SimMasto et du stage de formation de DUT informatique de Q.Baduel.
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