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Glossaire des termes utilisés dans le projet SimMasto

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A

• ABMS : Agent Based Modeling and Simulation
• AFLP  Amplified fragment-length polymorphism, longueur de fragment d’ADN après digestion d’un génome complet par une enzyme de restriction connue et amplification par PCR.
• Agent :  Dans le cadre de la simulation, un agent est considéré comme une entité autonome définie par ses caractéristiques et ses réactions. Un agent peut disposer d'une perception plus ou moins étendue de son environnement et planifier ses actions pour parvenir à ses buts
• API (Application Programming Interface) : Interface de programmation.
• Arcview/Arcgis Logiciels de gestion des SIG semblables à Qgis

  B

• CBGP : Centre de Biologie pour la Gestion des Populations.
• Classpath : Paramètre de la machine virtuelle java qui définit le chemin d'accès au répertoire où se trouvent les classes et les packages Java dont a besoin un projet pour fonctionner.
• Clipping : Le clipping est une méthode permettant d'extraire une partie d'une image.
• Cluster : système informatique composé d'unités de calcul (micro-processeurs, cœurs, unités centrales) autonomes qui sont reliées entre elles à l'aide d'un réseau de communication.

  D

• DD (Decimal Degree) : Il s'agit d'une version simplifiée du format DMS. Les coordonnées sont exprimées uniquement en degrés, mais on conserve des décimales. (on travaille donc en base 10)
• Display : Signifie « écran ». Cela correspond à un onglet dans Repast.
• DMS (Degrés Minutes Secondes) : c'est un format de représentation des coordonnées géographiques, les valeurs sont des fractions d'angle. On exprime ainsi des positionnements par rapport aux parallèles et aux méridiens. C'est un des formats permettant de positionner un point en définissant sa latitude et sa longitude. Une minute d'angle re-présente 1/60 degrés et une seconde d'angle représente 1/60 minute d'angle.
• Dos : Langage de commande Windows.

E

• Échelle  L’échelle est le rapport entre la mesure d’un objet et la mesure de sa représentation et est exprimée par une fraction. Les écologues parlent d’échelle large (concernant une grande surface) ou fine (touchant une petite surface) alors que les géographes désignent l’échelle d’une carte par l’expression grande (par ex. 1/25000) et petite (par ex. 1/1000000) dans un sens opposé à l’acception écologique du terme.
• Eclipse : c'est un environnement de programmation permettant de développer en Java. Il accepte de nombreuses extensions qui permettent de faciliter la programmation et d'intégrer des applications comme Repast Simphony.
• Equilibre Hardy Weinberg  Le principe de Hardy-Weinberg ou la loi ou le modèle du même nom est une théorie qui postule qu’il y a un équilibre de la fréquence des allèles et des génotypes au cours des générations. Cette théorie requiert la vérification d’un certain nombre d’hypothèse dont :
  –  La population est de taille infinie (  grande taille, loi des grands nombres)
  –  Espèces diploïde et reproduction sexuée
  –  La Panmixie (croisements aléatoires entre individus) généralisée recouvre :
  –  Absence de mutation sur les allèles considérés
  –  Absence de sélection d’individus
  –  Les générations ne se chevauchent pas.
  Cette théorie est cependant très robuste au non respect de ces hypothèses de départ.
  Source : Wikipédia + Cours +Campbell et Reece 2004.
  Généricité  En programmation, la généricité d’une fonction repose sur son indépendance vis à-vis du type, et éventuellement du nombre de ses arguments. C’est un concept important pour un langage de haut niveau car il permet d’augmenter le niveau d’abstraction du langage. Plusieurs mécanismes visant à permettre l’écriture de fonctions génériques ont donc été mis en œuvre par les différents langages de programmation. Source : Wikipédia.
• ESRI : Environmental Systems Research Institute : C'est une firme informatique à l'origine du concept des logiciels SIG. Elle a créé de nombreux logiciels très répandus dont ArcGis. Elle est également à l'origine de certains standards ISO et de formats de données.

F

• Feature : c'est une classe contenant les données d'un tuple d'une base de données. On l'utilise pour stoker les polygones des shapefiles avec les données qui leurs sont associées.

G

• Geography : Dans Repast Simphony, une géographie est une projection permettant de définir un support virtuel pour des agents évoluant dans un environnement défini par un SIG.
• Géomatique: La géomatique regroupe les outils et  les méthodes permettant de représenter, et de manipuler des données géographiques.
• Geometry : D'après le standard de JTS, une geometry est un enregistrement d'une forme géométrique constituée de  un ou plusieurs points.
  L'implémentation  des classes permettant de gérer et de manipuler les « geometry » a été repris de la bibliothèque JTS. Dans Repast Simphony on considère qu'une géométrie est une forme, elle peut appartenir à un des trois types suivants : Point, ligne ou polygone. Le plus compliqué est le type polygone, qui peut représenter des formes très complexes, et que l'on peut récupérer à partir de fichier de formes (WKT, WKB, shapefile...).
  En plus d'une forme, les géométries possèdent des coordonnées. Il est d'ailleurs impossible de déplacer simplement des géométries, il faut changer leurs coordonnées et les recréer.
• Géoréférencement: Le géoréférencement est une donnée associée à un élément (agent, carte, image...) permettant de situer cet élément sur le globe terrestre.
• Geotools :  C'est une librairie open source de Java permettant d'effectuer des traitements sur la géomatique et les SIG.
• GML : Geography Markup Language : c'est un langage dérivé du XML permettant de stoker des informations géographiques ( par exemple les points définissants un polygone avec les données qui lui sont associées comme son géoréférencement et sa description).

H

• Hétérozygotie  L’hétérozygotie est la proportion d’individus, portant deux allèles différents pour un locus, au sein d’une population (Cf.2.1.4).
• Hétérozygotie attendue : estimation de la fréquence des hétérozygotes si les allèles sont associés au hasard pour former les génotypes (ensemble des gènes d’un individu) et ceci pour chaque locus.

I

• IDisplay : Interface de Repast permettant de créer des onglets personnalisés.
• INRA: Institut National de la Recherche Agronomique, organisme français de recherche en agronomie fondée en 1946
• IRD : Institut de Recherche pour le  Développement.

J

• JAI - Java Advanced Imagery: bibliothèque Java spécialisée dans l'imagerie.
• JAR : Archive Java contenant les fichiers binaires d’un projet et les librairies dont il a besoin pour son exécution.
• Java : Langage de programmation orientée objet.
• Jointure : Technique permettant de fusionner des éléments de deux tables de données en fonction d'attributs ayant des valeurs communes.
• JTS : Java Topology Suite : librairie de Java permettant la gestion de données géométriques.

K

• KML :Keyhole Markup Language : c'est un langage destiné à l'affichage de données géoréférencées, il est compatible avec la plupart des logiciels SIG et avec les outils Google maps et Google Earth.

L

• latitude/longitude : la latitude et la longitude représentent des valeurs angulaires permettant de représenter un point sur la surface de la terre. La latitude varie de 0 degrés a l'équateur jusqu'à 90 degrés aux pôles, elle permet de tracer les parallèles (lignes horizontales parallèles à l'équateur utilisées pour les cartes) . La longitude quant à elle permet de donner une coordonnée en fonction des méridiens ( lignes verticales sur une carte joignant les deux pôles) par convention on compte 360 méridiens qui font le tour de la terre et dont l'origine se trouve être le méridien de Greenwich .
• Locus : Endroit où est placé un gène sur un chromosome.

M

• Métriques paysagères  Les métriques paysagères sont des indices mathématiques qui expriment une caractéristique d’un paysage. Il y a plusieurs grands types de métriques : aire ou lisière, métrique de forme, d’isolation ou de proximité, contraste, contagion, connectivité et diversité (voir par exemple Gustafson, 1998, Turner et al., 2001).

O

• OGC : Open Geospatial Consortium: c'est un groupe international qui définit des standards garantissant l'interopérabilité des logiciels de géomatique.
• OpenGL : Librairie graphique utilisée dans la conception d’applications 2D ou 3D.
• Output : Signifie « sortie de données »

P

• Patch  Le terme Anglais «patch» décrit une zone de l’espace où la densité d’un organisme est supérieure à la densité moyenne de la population. Dans la pratique, la valeur de référence est la moyenne des n valeurs de densité correspondant aux n unités d’échantillonnage.
• Plugin : logiciel qui complète un logiciel hôte pour lui apporter de nouvelles fonctionnalités. La plupart du temps, ces programmes ne peuvent fonctionner seuls car ils sont uniquement destinés à apporter une fonctionnalité à un ou plusieurs logiciels ;
• Projection : dans Repast c'est un système servant de support et de repère pour situer les agents et leur permettre de se déplacer.

Q

• QGIS : logiciel de traitement des SIG. Il a été conçu comme une plateforme permettant de faire des liens avec d'autres applications ( comme Grass et PostGis).

R

• Raster : c'est une matrice de données. On peut s'en servir notamment pour stocker des pixels ordonnancés constituant une image.
• Repast : Recursive Porous Agent : c'est le prédécesseur de Repast Simphony
• Repast Simphony (RS) : Plateforme de programmation multi-agents.
• Repast-Simphony (ne pas confondre avec symphonie) Plugin de Eclipse permettant la simulation multi-agents
• RGB ou RVB : Le format RGB est un codage qui permet de définir des images couleurs. De manière générale un fichier raster est composé d'une matrice de données, par exemple des entiers. On utilise ensuite une table de correspondance pour faire correspondre à une valeur un pixel.
  Chaque pixel possède une couleur définie par l'association de trois composantes : les trois couleurs primaires : rouge, vert  et bleu (RVB) ou Red Green Blue (RGB).
  La quantité d'une composante est définie par un entier compris entre 0 et 255 lorsque l'on parle en décimale ou entre 00 et FF lorsque l'on parle en hexadécimal (qui est plus utilisé pour les codes couleurs).
  Exemple : 
  o          la couleur ayant pour code RGB FF0000 sera entièrement rouge (la composante rouge a une grande valeur (255) et les deux autres composantes sont a 0.
  o          Ainsi la couleur 000000 est noire et la couleur FFFFFF est blanche
  
  Remarque: on peut parfois avoir des image en aRGB , les pixels sont alors définis par une composante supplémentaire appelée alpha. Cette composante n'est pas une vraie couleur, mais défini le degrés de transparence (00 signifie totalement transparent et FF  une image complètement opaque).

S

• Shapefile: (ou fichier de forme) est un format  initialement développé par ESRI pour stoker des données issues des SIG.
  Un  fichier Shapefile (en français «fichier de formes ») est un format de fichier propre aux Systèmes d'informations géographiques. Il permet de stocker des données représentées sous une forme (géométrie) particulière selon des coordonnées géographiques. Ce format a été développé par ESRI pour permettre de regrouper des éléments d'une cartes associés avec des attributs.
  De manière classique un fichier shp est généralement constitué d'un groupe de fichiers ayant le même nom mais des extensions différentes. Les trois fichier les plus fréquents sont:
  1. le fichier .shp : il contient les formes proprement dites
  2. le fichier .shx : il contient un index des formes enregistrés dans le shp
  3. le fichier .dbf : il contient les attributs associés à chaque forme.
  Mais d'autres fichiers peuvent également faire partie du shapefile, en particulier le fichier .prj qui sert à définir la projection dans laquelle le shapefile est représenté.
• Shell : Langage de programmation sous Linux. Utilisé pour les scripts.
• SIG ou GIS : Système d'Informations Géographiques. Ce sont des outils permettant de stoker et de traiter des informations spatialement référencées.
• SimMasto  Projet de recherche mené par Monsieur Jean Le Fur au sein du CBGP. Ce projet se compose de deux volets : un centre d’information et une plateforme de modélisation
• Simulation multi-agents : Une simulation multi-agents a pour but d'étudier le comportement d'une population d'agents dont les représentants agissent de façon autonome. Ils peuvent percevoir et interagir entre eux et avec leur environnement. On peut étudier les schémas d'évolution des populations en répétant les simulations et en mesurant l'impact de différents paramètres.
• SMA  Système Multi-Agent : type de modèle informatique, généralement écrit dans un langage de programmation orienté objet, qui cherche à représenter le monde vivant par la formalisation des unités qui le composent et leurs interactions. Les Agents est une de ces unités soit un individu, une colonie, une parcelle. Un système multi-agent (SMA) est un système composé d’un ensemble d’agents, situés dans un certain environnement et interagissant selon certaines relations. Un agent est une entité caractérisée par le fait qu’elle est, au moins partiellement, autonome. Ce peut-être un processus, un robot, un être humain, etc. Source : Page wikipédia des SMA au 27/05/2011.
• SNP  single-nucleotide polymorphism variation d’une base au sein d’un fragment d’ADN entraînant un polymorphisme.
• SQL : Structured Query Language : c’est un langage permettant d'interroger ou de manipuler des bases de données relationnelles.
• SRID : IDentifiant du Système de Référence: il s'agit d'un nombre servant à identifier un système de coordonnées de référence particulier.
• SVN : Logiciel permettant d’enregistrer son projet sur un serveur et de revenir facilement à une version antérieure.
• SVN : Subversion: système de traitement de version.
• Système d’information géographique (SIG)  Un système d’information géographique (SIG) est un système d’information capable d’organiser et de présenter des données alphanumériques spatialement référencées, ainsi que de produire des plans et des cartes. Source : Wikipédia.

T

• TIFF : Tagged Image File Format : c'est un format d'image non compressé extrêmement flexible. Il est très utilisé pour la gestion des rasters car il supporte beaucoup de modifications. De plus il accepte les métadonnées. Ce qui permet d'attribuer par exemple un géoréférencement à l'image.
• Tuple : ce terme désigne une collection ordonnée d'objet. Dans le cas d'une base de données un tuple représente une  ligne d'une table dans une base de données.

U

• United States Departement of Agriculture : l' USDA est le département de l'administration fédérale américaine en charge de la politique en matière d'agriculture et d'alimentation. Il fut créé en 1862
• UserPanel : Classe de Repast 2.0 ayant les mêmes fonctionnalités qu’un JPanel. Il a une place réservée dans l’interface graphique de Repast mais reste vide tant qu’il n’est pas spécifiquement instancié par le programmeur.
• UTM (Universal Transverse Mercator : c'est un format permettant de représenter des coordonnées en mètres à n'importe quel emplacement sur le globe.

W

• WKB :  Well Know Binary  : équivalent binaire du WKT. Il est interprétable par certaines fonctions SQL
• WKT :  Well Know  Text :format permettant d'enregistrer des formes géométriques dans un format texte ( exemple : « POINT(6 10) » représente un point défini par deux coordonnées entières.)
• WLD : World : il s'agit d'un format de fichier, il contient uniquement du texte et permet d'associer des coordonnées à une image. Pour géoréférencer « image1.jpg » on peut lui associer un fichier « image1.wld ».

X

• XML : (eXtensible Markup Language). La norme XML est disponible à l'adresse www.w3.org/XML/. XML offre une façon pratique et standard de classer des données, afin de faciliter leur lecture, leur accès et leur manipulation. XML utilise une arborescence et une structure de balises identique à HTML

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