Structure et écriture d'une table de données pour le logiciel GenePop(*)

Dans SimMasto, des fichiers de sortie au format GenePop sont créés à intervalles de temps définis par l'utilisateur.

Propriété de GenePop

Il est valable pour tous les OS existant.
Il est possible de le lancer par un système de batch (shell)

Structure du fichier d’entrée

La première ligne sert de commentaire pour les données.

Nom des locus avec un nom par ligne

Indicateur de l’échantillon de Population

Information de l’individu :
ID , 0101 0202 0410 valeur des allèles pour chaque locus.
0000 donnée manquante (impossible en toute logique dans notre cas).

Chaque nouvel individu est ajouté sur une nouvelle ligne.
Toute population commence par un pop sur une ligne sans respect de la casse des caractères.

Ne pas laisser de ligne vide en fin de fichier.

Exemple de fichier

Title line : « Donnée issue de SIMmasto »

Locus 1 , Locus 2 ,Locus 3 ,
Pop , 0003 3535 3631
Micro , 0003 3535 3631
Tus , 0003 3535 3631
Micro , 0003 3535 3631
Tus , 0003 3535 3631
Tintin , 0003 3535 3631
Milou , 0003 3535 3631

Routines java pour l'écriture (situation au 12 mars 2013): extrait du source java correspondant

Un fichier de données ne contient aucune ligne vide et un même nombre de loci que de génotype par individus. Et par conséquent les génotypes vide sont représentés par des 0.

/ est le symbole pour commenter une ligne.

Mémo 21 - Auteur J.E. Longueville & A. Realini, 07.03.11, adaptation 12.03.13 par jlefur

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