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Liste d'indicateurs génétiques calculés par le modèle (+ source java)

Objectif: Disposer d’un ensemble d’indicateurs fiables qui permettent de calibrer le modèle, et d’avoir un suivi en temps réel (monitoring) de celui-ci. (biblio : http://gen-net-pop.univ-lyon1.fr/cours/chap2/par31.htm)

 Proposition

1.      Richesse allélique moyenne (populationnelle) et par locus

2.      Fréquence allélique

3.      Hétérozygotie théorique attendue (H_e)

4.      Taux d'hétérozygotie observée H_o

Formule de calcul

Richesse allélique pop : A= nombre total d'allèles / nombre de loci

Fréquence allélique : nombre d’occurrence d'un allèle / 2*Nb d'individus

Hétérozygotie théorique attendue (Ht) sous Hardy Weinberg :

HtA= 1 - (f12+f22+ … +fk2) = 1- Sfi2

La globale est la moyenne de chaque loci.

Hétérozygotie observée : Ho = 1/N S Hi avec :

N : nombre total de loci étudiés qu'ils soient monomorphes ou polymorphes

Hi : hétérozygotie au locus i  = nombre d’hétérozygote au locus i / nombre total d’individu

Implémentation dans le modèle

Source Java : indicateurs génétiques de base : (FIS, hétérozygoties observée et attendue, richesse et fréquences alléliques). Toute cette partie est réalisée par l’inspecteur Génétique écrit par Audrey Realini.

• Java source : basic genetic indicators (FIS, expected and observed heterozygosity, allelic richness and frequencies) :

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